تتبنى الجامعة المصرية الروسية نظام الساعات المعتمدة الذي يعطي للطالب الفرصة للدراسة وفقًا لإمكاناته وقدراته الخاصة. على عكس التدريس المعتاد ذي الشكل الثابت الذي تتبعه الكثير من الجامعات المصرية، فإن نظام الساعات المعتمدة يمكّن الطالب من اختيار عدد من المقررات من خلال برنامج أكاديمي جيد التخطيط. يتم تعيين مرشد أكاديمي لكل طالب يوجهه في تخطيط و اختيار المقررات الدراسية ويراقب تقدمه ويساعده في حل أي مشاكل قد تواجهه. وقد أثبت هذا النظام نجاحا في تشجيع الطلاب على تطوير التفكير المستقل ، ومنحهم الوقت الكافي لتوسيع نطاق اهتمامهم ، مع تدريبهم على البحث عن المعلومات من خلال استخدام المكتبة ومرافق التعلم الفعالة الأخرى. ومن الجدير بالذكر أنه يُسمح للطالب بإعادة مقرر قد حصل فيه على تقدير منخفض من أجل تحسين المعدل العام. وبناءً على توصية مجلس الكلية ، يمنح مجلس الجامعة درجة البكالوريوس في البرنامج الأكاديمي الذي تم دؤاسته بعد أن يجتاز الطالب بنجاح العدد المطلوب من الساعات المعتمدة المحددة في لوائح البرنامج الأكاديمي. ينقسم العام الدراسي إلى ثلاثة فصول دراسية: فصل الخريف والربيع بمدة 15 أسبوعًا لكل فصل ، بالإضافة الى فصل الصيف بمدة 6 أسابيع مكثفة. باتباع الخطة الدراسية العادية ، يمكن لطالب الهندسة أو الصيدلة إكمال برنامج أكاديمي في 10 فصول دراسية منتظمة (5 سنوات). الاستثناء هو برنامج هندسة محطات الطاقة النووية الذي يحتاج بانتظام 11 فصل دراسي لإكماله. اللغة الرسمية للتدريس هي اللغة الإنجليزية ، ولكن قد يتم تقديم بعض الدورات الخاصة في العلوم الإنسانية باللغة العربية.